Prehistoria
Durante el Neolítico, el Calcolítico y la Edad del Bronce, los prados altos de Zegama estuvieron poblados por grupos humanos dedicados al pastoreo; túmulos y dólmenes son testigos de la cultura funeraria de aquellas primeras comunidades.
No se descarta que desde épocas prehistóricas el paso natural de Otzaurte sirviera para la comunicación entre la vertiente mediterránea con las tierras del Cantábrico. Los hallazgos de restos romanos, aunque esporádicos, alimentan la hipótesis de que fuera Otzaurte vía transitada por la civilización romana.
Edad Media
Zegama aparece citada como colación o universidad en un documento fechado el 12 de junio de 1384, por el que se anexionaba a Segura junto con las vecinas Zerain, Idiazabal, Ormaiztegi y Mutiloa. Esta incorporación fue confirmada por el rey Juan I de Castilla en 1387 y por Enrique III en 1393. Dicha unión se produjo en plena pugna entre navarros y guipuzcoanos (unidos estos a la corona de Castilla desde 1200 y por ello enfrentados al vecino reino), que por la situación estratégica de Zegama le afectaba especialmente. Asimismo, la guerra de los parientes mayores hizo necesaria la unión de los pequeños núcleos para su autodefensa.
En 1401 se forma la Parzonería de Alzania compuesta por las poblaciones de Zegama, Zerain, Idiazabal y Segura, para el común aprovechamiento, explotación y conservación de las zonas de montaña, vitales para alimentar los ganados y obtener leña para hacer el carbón que movía sus ferrerías.
Zegama adoptó como escudo propio el de los señores del palacio de Jaureguía, los Ladrón de Guevara, que ostentaron el patronato de su iglesia hasta el año 1495.
Zegama, "Villa de por sí"
Por privilegio despachado en Madrid el 4 de febrero de 1615, el rey Felipe III concedió a Zegama el título de "villa de por sí". Para eso, los 310 vecinos que a la sazón aquí habitaban tuvieron que abonar un "donativo" –importe para la adquisición de la independencia– de 85.615 reales. Una vez obtenido el título, su representante tomó asiento en las Juntas Provinciales y pudo formar concejo municipal separado de Segura.
A partir de 1637 estuvo asociada a Zerain, Mutiloa, Ormaiztegi, Astigarreta y Gudugarreta, en la llamada "Unión de Cegama", creada para unificar su representación ante las Juntas de la Provincia. Con diferentes componentes, esta colaboración se prolongaría durante casi un siglo.
San Adrián
El paso de San Adrián cubre uno de los capítulos más importantes en la historia de Zegama.
Un túnel perfora la roca por el collado Lizarrete entre las sierras de Aizkorri y Alzania, en la antigua Calzada Real, trecho perteneciente al Camino de Santiago que enlazaba la comarca del Goierri con Zalduendo, ya en tierras de Araba, y vía de comunicación por tanto entre Castilla y Europa. La tradición oral dice que ya los romanos eligieron este lugar para adentrarse en la meseta, y para ilustrarlo el folklorista Ignacio de Iztueta recogió un relato popular que cuenta como una terrible noche de tormenta las tropas romanas atravesaron San Adrián, dejando a un soldado muerto por causa de un rayo.
San AdriánEn la parte superior del paso se encuentra la cueva de San Adrián, popularmente "Sandratei".
El padre Villasante supone que el primer topónimo del túnel y el puerto fuese Sancta Trinitate, transformado por las gentes vasconas en "Sandrati" o "Santa Tria". Del mismo parecer es la historiadora Micaela Portilla, quien registra la existencia en Araba de ermitas dedicadas a San Adrián en parajes con nombres como Santa Tría o San Tetria. A esto hay que añadir que la romería en la cueva de San Adrián se celebra, por tradición, en la festividad de la Trinidad.
El hallazgo en su interior de diversas monedas de los siglos XI y XII confirma que fue éste un lugar de tránsito durante toda la Edad Media. A partir de la incorporación de Gipuzkoa a Castilla en 1200, como alternativa al paso de Otzaurte dominado por los navarros, se institucionalizó la nueva vía.
El Papa Nicolás IV otorgó en 1290 indulgencias a favor de los peregrinos, transeúntes y pobres que visitasen en el día de su festividad la iglesia del hospital de San Adrián de Zegama.
Durante el período de máximo esplendor, por la gruta de San Adrián transitaron reyes, príncipes y ejércitos, bandoleros, prófugos y peregrinos. En su interior había casas, cuadras, taberna, capilla... Hacía las veces de fortaleza, por lo que contaba con guarda permanente e incluso un alcaide a su mando. Uno de estos gobernadores se jactaba de ser personaje principal en Europa, ya que ante él se descubrían incluso los reyes; y no mentía, pues la cueva era tan angosta en su salida hacia Araba que los caballeros estaban obligados a agacharse y quitarse el sombrero.
En la Ermita de San Adrián fue bautizado en los primeros meses del siglo XVI Felipe de Lazcano (que llegaría a ser coronel de los tercios de Gipuzkoa), apadrinado por Felipe el Hermoso y Juana la Loca a su paso de Flandes hacia Castilla.
Ermita de San AdriánA unos 500 m. del túnel, en el antiguo camino a Castilla, se encontraba la ermita de Santi Espíritu, junto a la que se dice hubo un asentamiento templario. En 1503 Julio II le concedió el título de priorato, fundación medieval que se otorgaba a los lugares ubicados en el Camino de Santiago, generalmente donde antes se hubiera establecido alguna orden de caballería. Sabemos que en 1512 este priorato tenía hospital para peregrinos, que fue pasto de las llamas poco después. Solía ejercer como prior de la ermita uno de los beneficiarios de la parroquia de Segura, de la que dependía Zegama.
Un viajero de 1599 afirmaba que en las dos ermitas "Hacen grandísima devoción los romeros y peregrinos que vienen del camino de Francia para andar a Santiago de Galicia".
Modernidad
Con la apertura de la nueva carretera por el alto de Etxegarate en 1851, la vieja ruta por Segura y Zegama queda relegada a favor de la ruta por Idiazabal y Altsasua. Esto supuso la desaparición de las fondas y casas que daban albergue a los transeúntes.
En la industrialización una papelera y algunos pocos talleres revitalizaron a la población.
Ya en puertas del tercer milenio, Zegama se proyecta al exterior como un población dotada de un patrimonio natural y paisajístico de primer orden, con un sector terciario en crecimiento, más el dinamismo industrial que le proporciona una red de pequeñas y medianas empresas, elementos todos ellos que, unidos a la experiencia de una población centenaria pero joven, conforman una realidad preñada de esperanza.